Prawdopodobnie pierwszy drewniany kościół w Prudniku powstał już w 1279 r., jednakże pierwsza wzmianka pisana o prudnickiej parafii pochodzi z XIV w. W latach 1554-1627 na kanwie wydarzeń historycznych kościół należał do luteranów. Budowę obecnej późnobarokowej bryły kościoła według projektu Johanna Töppera, położonej w południowej części Starego Miasta, rozpoczęto w 1730 r. Jednakże już 5 lat później pożar strawił ukończoną już prawie budowlę. Pożaru nie przetrwały m.in. freski autorstwa Feliksa Antoniego Schefflera, które niewątpliwie, sądząc po dorobku artystycznym malarza, byłyby pięknym dopełnieniem wnętrza. W związku z pożarem konsekracja kościoła odbyła się dopiero w 1752 r., a dokonał jej biskup wrocławski Filip Gotthard Schaffgotsch. Trójnawowa świątynia, wewnątrz otoczona galerią i połączoną z chórem i wieżą posiada barokowe elementy wyposażenia, w tym niezwykły ołtarz z dwoma cherubinami i rzeźbą Chrystusa w zwieńczeniu. Świątynia doznała tylko niewielki uszczerbek w trakcie II wojny światowej. W latach 1946-1999 parafią zarządzali dominikanie. Ciekawostką jest, że z tutejszej parafii pochodził jeden z najbardziej znanych ojców dominikanów we współczesnej Polsce, ojciec Jan Góra, twórca ruchu lednickiego i corocznego, ogólnopolskiego Spotkania Młodych na Polach Lednickich.